Sin duda alguna es algo que deben revisar el equipo de desarrollo de Bancomer para solucionar de raiz el problema. Mientras eso sucede para poder hacer nuestros pagos referenciados en Bancomer tenemos que indicarle al navegador que no haga esta validación de conexiones seguras. En la imagen se muestra el error que manda el navegador de manera bastante clara.

Al tratar de procesar el pago referenciado de SAT en Bancomer no aparece usuario y contraseña en la imagen se muestra el error que manda el navegador de manera bastante clara.
Si tenemos Google Chrome lo podemos hacer modificando un acceso directo al navegador que usaremos exclusivamente para hacer el pago referenciado, para esto copiamos el acceso directo damos clic derecho sobre el acceso directo y en el menu que se despliega seleccionamos Propiedades, nos vamos a la pestaña “Acceso Directo” o “Shortcut” y modificamos el campo de destino agregando al final el siguiente texto:
--allow-running-insecure-content
El comando debería quedar de la siguiente manera:
"C:\Program Files (x86)\Google\Chrome\Application\chrome.exe" --allow-running-insecure-content
En otros navegadores el problema se debe al mismo problema del contenido seguro mezclado con el inseguro.
Fuentes: